Flatpak je v systému T2 SDE od verze 26.6 nainstalován ve výchozím nastavení — není potřeba žádné další nastavení!
Flatpak je dodáván s přednastaveným repozitářem Flathub a jsou zahrnuty také nástroje pro integraci s desktopovým prostředím, které umožňují instalaci aplikací z Flathubu jedním kliknutím.