Поддержка Flatpak встроена в MX 18 и более поздних версиях. Необходимо лишь активировать репозиторий Flathub, следуя этим инструкциям:
Откройте MX Package Installer (откройте меню и перейдите в раздел «MX Tools»), выберите вкладку «Flatpaks»; для активации репозитория потребуется ввести пароль администратора.
Чтобы завершить настройку, перезагрузите систему. Теперь остаётся только установить приложения!