Flatpak по умолчанию установлен в Salix начиная с версии 15.0 — никакой настройки не требуется!
Flatpak поставляется с готовой настройкой репозитория Flathub и средствами интеграции с рабочим столом, позволяющими устанавливать приложения из Flathub одним щелчком мыши.