Flatpak по умолчанию установлен в T2 SDE начиная с версии 26.6 — никакой настройки не требуется!
Flatpak поставляется с уже настроенным репозиторием Flathub и средствами интеграции с рабочим столом, позволяющими устанавливать приложения из Flathub одним щелчком мыши.