Flatpak je v T2 SDE od verzie 26.6 nainštalovaný predvolene — nie je potrebné žiadne nastavovanie!
Flatpak je už predkonfigurovaný s repozitárom Flathub a obsahuje nástroje na integráciu do pracovného prostredia, ktoré umožňujú inštaláciu aplikácií jedným kliknutím z Flathubu.